Otra de las acusaciones, sin mucho fundamento, que se vierten contra los alimentos genéticamente manipulados es la de su potencial para seleccionar microorganismos resistentes a ciertos antibióticos. La primera de las fases de manipulación de genes en casi todas las experiencias de creación de plantas transgénicas involucra el uso de segmentos de DNA resistentes a dos tipos de antibióticos: la kanamicina y la neomicina. Estos genes se utilizan como marcadores para seleccionar ciertas semillas y son genes que después de la primera fase no tienen trascendencia alguna en el resto del experimento.